真菌的分類系統(Ainsworth, 1973)

(I) 黏菌門 PHYLUM MYOMYCOTA

集胞黏菌綱Class: Acrasiomycetes
集胞黏菌目Acrasiales

水生黏菌綱Class: Hydromyxomycetes
水生黏菌目Hydromyxales
網黏菌目Labyrinthulales

黏菌綱Class: Myxomycetes

根腫菌綱 Class: Plasmodiophoromycetes
根腫菌目Plasmodiophorales

(II) 真菌門 PHYLUM EUMYCOTA
A) 子囊菌亞門Subphylum: Ascomycotina
盤菌綱Class: Discomycetes
柔膜菌目Helotiales
盤菌目Pezizales
星裂盤菌目Phacidiales
塊菌目Tuberales

半子囊菌綱Class: Hemiascomycotina
內孢霉目Endomycetales
外囊菌目Taphrinales

蟲囊菌綱 Class: Laboulbeniomycetes
蟲囊菌目Laboulbeniales

腔菌綱Class: Loculoascomycetes
煤苔目Capnodiales
座囊菌目Dothideales
縫裂菌目Hysteriales
.小盾殼目Microthyriales
多腔菌目Myriangiales
格孢腔菌目Pleosporales

不正子囊菌綱Class: Plectomycetes
白粉菌目Erysiphales
.散囊菌目Eurotiales

核菌綱Class: Pyrenomycetes
麥角菌目Clavicipitales
肉座菌目Hypocreales
球殼菌目Sphaeriales
炭角菌目Xylariales

B) 擔子菌亞門Subphylum: Basidiomycotina
層菌綱Class: Hymenomycetes
有隔擔子菌亞綱 Class: Phragmobasidimycetidae
木耳目Auriculariales
花耳目Dacrymycetales
銀耳目Tremellales

無隔擔子菌亞綱Class: Holobasidimycetidae
蘑菇目Agaricales
多孔菌目 Polyporales
膠膜菌目Tulasnellales

腹菌綱Class: Gasteromycetes
膜菌目Hymenogastrales
馬勃目Lycoperdales
鳥巢菌目Nidulariales
鬼筆目Phallales
硬皮馬勃目Sclerodermatales

冬孢菌綱Class: Teliomycetes
鏽菌目Uredinales
黑粉菌目Ustilaginales

C) 半知菌亞門 Subphylum: Deuteromycotina
無孢菌綱Class: Agonomycetes
無孢菌目Agonomycetales
黑盤菌目Melanconiales
球殼孢目Sphaeropsidales

絲孢綱Class: Hyphomycetes
絲孢目Hyphales

D).鞭毛菌亞門 Subphylum: Mastigomycotina
壺菌綱Class: Chytridomycetes
芽枝霉目Blastocladiales
壺菌目Chytridiales
單毛菌目Monoblepharidales

前毛壺菌綱Class: Hyphochytridomycetes
前毛壺菌目Hyphochytridales

卵菌綱Class: Oomycetes
鏈壺菌目Lagenidiales
水節霉目Leptomitales
霜霉目Peronosporales
水霉目Saprolegniales

E).接合菌亞門 Subphylum: Zygomycotina
接合菌綱 Class: Zygomycetes
蟲霉目Entomophthorales
毛霉目Mucorales